Os seguintes grupos de pesquisa funcionam no Câmpus São Carlos:

1. Núcleo de Pesquisas Aplicadas a Construção Civil

2. Núcleo de Pesquisa em Agropecuária e Aquicultura no Oeste Catarinense

3. Educação, Tecnologia, Comunicação, Cidadania e Trabalho nos Processos de Ensino​ ​e​ ​Aprendizagem